1、菌種是指食用菌菌絲體及其生長基質組成的繁殖材料。菌種分為母種(一級種)、原種(二級種)和栽培種(三級種)三級。工業發酵的有用菌種，其篩選步驟包括菌種分離、初篩和復篩。
 

　　2、挑選具有某種能力的有用菌種，也稱種子制備，是指菌種在一定條件下，經過擴大培養成為具有一定數量和質量的純生產菌種的制備過程。以作接入發酵罐中進一步擴大菌體量及合成產物之用。
 

　　3、種子制備包括孢子制備和菌絲體制備 菌種制備。
 

　　4、保存在沙土管或冷凍管中的生產菌種，用無菌手續挑取少許，接入瓊脂斜面培養基上，在25℃(或較高溫度)下培養5～7天(或較長時間。所得孢子還需進一步用較大表面積的固體培養基以獲得更多孢子(對于霉菌類孢子制備，多數采用大米、小米之類的天然培養基)。
 

　　5、將培養成熟的斜面孢子制成懸浮液，接種到扁瓶固體培養基上，于25～28℃培養14天。將成熟的扁瓶孢子于真空中抽干，使水分降至10%以下，并放入 4℃冰箱中備用。一次制得的孢子瓶可在生產上延續使用半年左右。
 

　　6、如果有些生產菌種不產孢子，如赤霉素產生菌或產孢子不多的，則可采用搖瓶液體培養制得菌絲體，作種子罐的種子。種子罐的目的是使接入有限的孢子或菌絲體迅速發芽、生長、繁殖成大量菌體。其中的培養基組分應是易于被菌體利用的碳源(如葡萄糖)和氮源(如玉米漿)，及無機鹽(如磷酸鹽)等。作為發酵罐的種子應生命力旺盛、染色深、菌絲粗壯，無雜菌及異常菌體。接種量一般在10%～20%。